21世紀後半。突如現れた異星人の巨大侵略兵器による攻撃により、人類は抗う術もなく存亡の危機を迎えていた。

その最中、日本の地下に広がる巨大空洞で、かつての戦時より眠る、空想の力を実体化できる究極の兵器『空想具現化装置』と、その適合者（マスター）である日本軍兵士の青年が氷付けの状態で発見される。

人類の兵器が全く通じない異星人の侵略兵器が無差別攻撃を仕掛ける中、眠っていた装置とそれを使用できる青年――火乃流星が目覚め、これを迎撃。
圧倒的な勝利を収め人類はつかの間の平和を手にした。

異星人に蹂躙された各地の復興が進む中、新たに結成された地球防衛軍の指揮官に任命され、宇宙からの侵略者と戦う任務につく流星。
しかし、彼は装置を使用できる唯一の存在であり、万一のことがあればそれは同時に地球の敗北を意味した。
そこで防衛軍総司令官である通称「長官」は共に戦う適合者（ブライダー）の素質を持つ少女たちに召集令状を送りつける。

突如現れた黒服の男たちに地球防衛の名の下に連行され、戸惑う少女たち。

だが、家族や身近な人を守りたい、大切なものを奪った異星人を討ちたい……
様々な思惑の元、少女たちは流星と共に戦うことを決意する。

こうして地球防衛軍特別部隊、武想少女隊ぶれいど☆ブライダーズによる地球防衛作戦が開始された。

再び現れた異星人たちから地球を守るために――