古くから日本の呪的守護を生業にしてきた集団。近代化の波に押されて近年は権力も薄れ、
もっぱら政治家の運勢を占ったり、成功祈願を行っていましたが、魔界孔が開いた学聖歴元年以降、再び表舞台に戻ってきました。
護国院には「封印の巫女」と呼ばれる存在がいます。彼女は魔界孔の拡大を抑え、
日本が更なる異変に襲われるのを防いでいます。巫女を守り、ひいては日本を守るのが現在の護国院の目的です。
護国院の行動は基本的には大義に乗っ取ったものですが、自らの正当性を尊重しすぎて高圧的であったり、強行手段に出たりと、独善的な部分も目立ちます。
最近は肝心の巫女も病に伏せって人前に姿を現さず、護国院のあり方に非難の声も聞かれるようになっています。