魔法少女のアニメが518話を越えても続くのは仕様ですか？

仕様です。
きっとそこまで出そうとする人の為の。

戦闘画面でマウスの座標が表示と選択の位置が最大で左4ますずれる時がある。
発生頻度は戦闘1〜3回すると発生。
画面を最小化して元に戻すと直っている。
画面サイズに関係無く発生していて、ウインドー、フル表示関係無く発生しています

System3.6 Ver3.20以降のシステムで一度やってみて下さい。

　サウンドボード　Q-VISION製　Secund Bus86　ドライバVer1.00
　CD-ROM ドライブ　I-ODATA製 CDV-AB32
　IDEインターフェース　I-ODATA製　UIDE-98　ドライバVer1.04
　OS　Windows98

　上記の環境でスタートアップガイドに従ってAUXをCDに設定しプレイしたとこ
ろ、CDのヴォリュームの設定値が保存されず、ゲームを起動する度にCDのヴォ
リュームの設定値が０になってしまう。
　System36をVer3.12に変更しても症状は改善されない。
　ちなみに、ぱすてるチャイムはVer3.12及び3.14を用いてもCDのヴォリューム
の設定値は保存されている。

新しいバージョンのSystem3.6を使用して下さい。
System3.6 Ver 3.29辺りがよいと思われます。

　第四話で、猿藤達が来る前に猿藤達の初期位置に移動しておき、その状態でイベントを進めて猿藤達が来ると、牡丹と他のキャラが重なってしまい、その後重なったキャラを動かすと牡丹が透明になり、動かせなくなる。
　また、牡丹に対して攻撃を受けると、その次の味方ターンで何もできなくなっ てしまう。

すみません、猿藤達の初期位置には既存ユニットは配置しないようにお願いします。

ゲームはできるんだけども、画面がウィンドウ＆全画面表示どちらでも減色表示になってしまう。
（ちなみに設定はＴｕｒｅ Ｃｏｌｏｒ（３２ｂｉｔ））
で、画面が変わる部分（顔の部分、メッセージ枠のバックの絵）などはちゃんとＨｉｇｈｃｏｌｏｒで表示されている。
何故？何故？何故？なぜぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇぇ？！！！！

ぷろすちゅーでんとGoodは、作品の仕様で、フルカラーＣＧと減色されたＣＧが混在していますので、特に問題はありません。

発売されてからだいぶたってゲームをはじめました。
とても面白いと思ったのですが、エンディングを迎えてもアリスの館なんかに以前あったようなsoundを楽しむ項目が乗っていませんでした。
オプションのメニューで一度エンディングを迎えると見られるようになるというのがsoundだと思っていたのですが、違うのでしょうか？
またエンディングを迎えると見られるようになるのは一体なんだったんでしょうか？教えてください。

ミュージックモードのようにサービス的な物は、ゲーム毎に必ず入っている事が保証されているわけではありません。
ご指摘の通りぷろＧｏｏｄはミュージックモードは入っていません。

自爆コマンドを使用したら、やり直した面だけでなく、以降の面でも属性が上昇しなくなったんですけど、これは仕様ですか？

はい、仕様です。
自爆は最後の切り札です。　大事にしましょう。